(1) KDV iade alacakları, öncelikle hak sahibinin ithalde alınanlar dışındaki vergi borçlarına mahsup edilecek, artan bir miktar olursa mükellefin isteğine bağlı olarak kendisinin, ortaklarının veya mal ya da hizmet satın aldığı mükelleflerin ithalde alınanlar dahil vergi borçlarına veya SSK prim borçlarına mahsup yapılır. 61 Seri No.lu KDV Genel Tebliği uyarınca Türkiye’de ikamet etmeyenlere döviz karşılığı özel fatura ile satış yapanlara ihraç kadıyla teslimde bulunanların iade talepleri sadece mahsup yoluyla yerine getirilir, nakden iade yapılmaz.

(2) 37 no.lu SM, SMMM ve YMM Tebliğine göre, KDVK’nın 11/1-a-c, 13/d, 14, 15/1-b maddeleri kapsamında doğan iadelerin YMM Tasdik Raporuna göre yapılmasında süresinde yapılmış tam tasdik sözleşmesi varsa üst iade sınırı bulunmamakta, süresinde yapılmış tam tasdik sözleşmesi yoksa üst sınır 249.000 YTL’dir (01.01.2007 tarihinden itibaren). Kanunun 11/1-b maddesinden doğan iadelerde ise tam tasdik sözleşmesi olup olmadığına bakılmaksızın üst iade limiti 65.000 YTL’dir. Süresinde düzenlenmiş tam tasdik sözleşmesi bulunan SDTŞ’lerin 61 No.lu Tebliğ kapsamındaki iade taleplerinde iade edilecek tutar, ortak bazında 65.000 YTL’yi (01.01.2007 tarihinden itibaren) aşmamak kaydıyla iade talep edilen dönemde ortaklardan alınarak ihraç edilen mal bedellerine ilişkin KDV toplamı dikkate alınarak hesaplanacaktır. Kanunun 13/a maddesinden doğan iadelerin YMM raporuna göre yapılmasında ise bir üst sınır yoktur. İndirimli orana tabi işlemlerden doğan iadelerde tam tasdik sözleşmesi yoksa, YMM Raporuna göre iade üst sınırı 01.01.2007’den itibaren 498.000 YTL.’dir. Kanun’un 13/b, c, e ve f maddesine göre doğan iadelerin YMM Tasdik Raporuna göre yapılmasında, ihracat istisnası için öngörülen limitler geçerlidir.

(3) KDVK’nın geçici 17. maddesi kapsamındaki tecil-terkin, iade ve mahsup işlemleri, aynı Kanunun 11/1-c maddesindeki usul ve esaslara tabidir.

(4) 1.000 YTL’yi aşan iade talepleri ise münhasıran vergi inceleme raporu sonucuna göre yerine getirilecektir.

(5) Altın, gümüş veya platin arama faaliyetlerinin başlayış aşaması için geçerli olan istisna uygulamasında KDV iade talepleri miktarına bakılmaksızın münhasıran YMM Tasdik Raporu veya vergi inceleme raporu sonucuna göre yerine getirilecektir. 

(6) Bu esaslar, istisna kapsamındaki işlemin tamamlanmasından sonra ya da işlemin sonuçlanması beklenilmeden vergilendirme dönemleri itibariyle yapılacak nakden ve mahsuben iadeler için geçerlidir. Aynı esaslar anılan, istisna kapsamında yurt dışında yerleşik firmalara yapılan teslim ve hizmetlerden doğan iadeler içinde geçerli bulunmaktadır.

(7) İndirimli orana tabi işlemler nedeniyle yılı içerisinde yüklenilip indirilemeyen KDV’nin aylık dönemler halinde yılı içinde mahsuben iadesi mümkündür. Mahsuben iade için indirilemeyen vergilerin kümülatif toplamının 2007 yılı için 10.800 YTL’yi aşması zorunludur. (102 no.lu KDV Genel Tebliği) Konu ile ilgili esaslar 99 No.lu KDV Genel Tebliğinde belirlenmiştir. 101 No.lu KDV Tebliğine göre, indirimli orana tabi işlemlerden doğan KDV iade alacaklarının mükellefin kendisinin elektrik ve doğalgaz borçlarına mahsubu da mümkündür.

(8) Yapım işlerinde vergi ve SSK borçlarına, diğerlerinde sadece kendi vergi borcuna mahsup var. Diğerlerinden doğan iadelerin 1.000 YTL’yi aşan kısmın mahsubu banka teminat mektubu veya inceleme raporu ile mümkün.

(9) Yapım işlerinde tevkifat uygulamasından doğan nakden iade talepleri ihracat istisnası için öngörülen limitler dahilinde YMM tasdik raporu ile yerine getirilecektir. Diğer bir ifade ile, bu işlerde YMM tasdik raporu ile KDV iadesi üst sınırı, süresinde düzenlenmiş tam tasdik sözleşmesi varsa sınırsız, yoksa 249.000 YTL.